Nakon osamnaest godina opiranja i neposluha morao se pokoriti odluci Svete Stolice iz veljače 1990. koja je potvrdila kaznu koju je fra Jozi u kolovozu 1989. izrekao tadašnji mostarsko-duvanjski biskup Pavao Žanić, otkriva Nacional

Biskup mu je zabranio obavljanje pastoralnih zadaća zbog upletenosti u sukob franjevaca i biskupa oko podjele župa - što u Hercegovini intenzivno traje zadnjih 40 godina - i povezivanja ukazanja Gospe u Međugorju, gdje je fra Jozo bio župnik, s tada sve oštrijim sukobom oko provođenja dekreta Romanis Pontificibus.

U odluci Svete Stolice piše da se izrečena kazna fra Jozi Zovku potvrđuje dok se fra Jozo ne makne u kakav 'convento lontano da Međugorje' - samostan daleko od Međugorja. Fra Zovko tada nije otišao daleko od Međugorja. Smjestio se u franjevačkom samostanu u Širokom Brijegu i tamo bio gvardijan.

Ostao je blisko vezan s Međugorjem, vodio niz edukacijskih i karitativnih akcija, formirao i sagradio na Širokom Brijegu Institut Svete obitelji. Tako je prkosio i mostarsko-duvanjskom biskupu Ratku Periću, koji je tražio provođenje odluka svoga prethodnika biskupa Žanića i Svete Stolice i koji je fra Jozu 1994. dodatno kaznio oduzimanjem prava ispovijedanja.

Biskup Perić, baš kao i pokojni biskup Žanić, ne vjeruju u istinitost Gospina ukazanja u Međugorju i podržavaju stav Biskupske konferencije Jugoslavije iz travnja 1991. u kojem stoji: 'Na temelju dosadašnjih istraživanja ne može se utvrditi da se radi o nadnaravnim ukazanjima i objavama'.

Prošle godine je Uprava hercegovačke franjevačke provincije zatražila od fra Joze da napokon prihvati kaznu, ode na Badiju i tamo sudjeluje u obnovi franjevačkog samostana, koji je RH zadarskim franjevcima vratila 2003, ali u vrlo lošem stanju.

Zadarski franjevci su ga darovali hercegovačkoj franjevačkoj provinciji koja će njime upravljati 99 godina.