Tolimir je pred ICTY-em optužen za genocid, udruživanje radi izvršenja genocida, za zločine protiv čovječnosti i za kršenje zakona ili običaja ratovanja, uključujući istrebljenje, ubojstvo, prisilno premještanje i deportaciju, počinjene između srpnja i studenog 1995. nad Bošnjacima u Srebrenici i Žepi.

U optužnici se navodi da je Tolimir odgovoran za genocid u kojem je više od 7.000 muslimanskih muškaraca i dječaka iz Srebrenice masovno pogubljeno. U optužnici se navodi da je, između ostalog, Tolimir nadgledao odred Vojske Republike Srpske koji je pogubio više od 1.700 Bošnjaka.

Cilj zajedničkog zločinačkog poduhvata koji su predvodili Ratko Mladić i Radovan Karadžić, a u kojem je sudjelovao i Tolimir, bio je trajno uklanjanje muslimanskog stanovništva iz Srebrenice i Žepe, piše u optužnici.

Tolimir, nekadašnji pomoćnik najtraženijeg haškog bjegunca Ratka Mladića, uhićen je krajem svibnja 2007. na granici između Srbije i BiH, a na prvom pojavljivanju pred sucem odbio je izjasniti se o krivnji.

On je bio Mladićev pomoćnik za obavještajne poslove i sigurnost i tužiteljstvo smatra da je na toj dužnosti znao za plan da se muslimansko stanovništvo protjera iz enklave Srebrenice i Žepe te da je sudjelovao u provedbi tog plana. On se tereti na temelju individualne kaznene odgovornosti, navodi se u optužnici.