Bandić je u 'aferi štandovi' optužen da je sa svojim suradnikom Ivicom Lovrićem i voditeljicom Tržnica Zagreb Zdenkom Palac udruzi U ime obitelji priskrbio nezakonitu korist od najmanje 308 tisuća kuna, ustupajući im bez naknade štandove na kojima su prikupljali potpise za referendum.

Prva optužnica protiv Bandića potvrđena je nakon niza odgoda još prošlog srpnja, dvije i pol godine od podizanja, a pripremno ročište više je puta do sada odgađano.

Posljednji put prekinuto je u prosincu prošle godine kada je Bandićeva obrana još jednom ustvrdila da je tijekom istrage niz dokaza prikupljen nezakonito, ali i da je već potvrđenu optužnicu donio neovlašteni tužitelj. No, Vrhovni sud odbio je sve tvrdnje obrane.

Prvu optužnicu protiv Bandića optužno vijeće odbacilo je u srpnju 2015. zaključivši da u postupanju zagrebačkog gradonačelnika nije bilo obilježja kaznenog djela. No, Vrhovni je sud u svibnju 2016. prihvatio Uskokovu žalbu i zaključio da je odbacivanjem optužnice Županijski sud povrijedio odredbe kaznenog postupka 'jer je izreka tog rješenja proturječna obrazloženju'.

Bandić je optužen i u aferi Agram zbog sumnji da je sa svojim suradnicima nizom nezakonitosti oštetio grad kojim upravlja godinama, ali i da je neplaćanjem poreza na donacije nakon predsjedničkih izbora 2010. navodno oštetio i Državni proračun.