Prvi je Vladu napustio Zlatko Komadina, ministar pomorstva, prometa i infrastrukture, 4. travnja 2012. godine, ni pet mjeseci nakon formiranja. Formalan razlog bili su zdravstveni problemi, ali se spekuliralo da je pravi razlog bilo neslaganje s premijerom Zoranom Milanovićem. Konkretan povod je bila Komadinina izjava da će se graditi dionica autoceste od Žute Lokve do Rijeke, što je Milanović ubrzo opovrgnuo.

Nakon odlaska iz Vlade Komadina se prometnuo u glavnog Milanovićeva kritičara unutar SDP-a i predvodnika tzv. 'riječke struje'. Zdravstvene probleme nakon odlaska više nitko nije spominjao. Dojma smo da se Komadina, bez obzira na sukob s premijerom, nije snašao na ministarskoj poziciji. Zamijenio ga je Siniša Hajdaš Dončić, dotadašnji krapinsko-zagorski župan koji nije uspio provesti kapitalni Vladin projekt monetizacije autocesta, nije uspio ni prodati gubitaša Croatia airlines, a prošlog tjedna mu je propao natječaj za projekt izgradnje i rekonstrukcije pruge vrijedan gotovo 200 milijuna eura, za koji su osigurana sredstva iz EU fondova.

Mirela Holy, ministrica zašite okoliša i prirode, podnijela je ostavku na funkciju u Vladi 7. lipnja 2012. godine na inzistiranje premijera Milanovića koji je tada dao i famoznu izjavu o visoko podignutoj letvici i najvišim standardima kojih se moraju držati svi članovi Vlade, što su kasnije mediji i politički protivnici rado koristili kada se ljestvica spuštala. Holy se našla u središtu afere nakon što je otkriveno da je od šefa uprave HŽ-a Renea Valčića mailom tražila da Heidu Maziju, suprugu Gorana Mazije, člana SDP-a, poštedi otkaza ili premjesti na drugo radno mjesto. To nije bio jedini Holyn grijeh. Prethodno je Sanju Kalamburu imenovala na mjesto direktorice Fonda za zaštitu okoliša i energetsku učinkovitost, iako je znala da je protiv nje podignuta optužnica. Holy je iz svega izašla kao pobjednica jer ju je javnost doživjela kao žrtvu te se, nevjerojatno, prometnula u svojevrsnu moralnu vertikalu. Ubrzo je otišla iz stranke te je potom osnovala ORaH. Na njeno mjesto u Vladi došao je rastrošni i poslušni Mihael Zmajlović

Radimir Čačić, prvi potpredsjednik Vlade i ministar gospodarstva, napustio je vladu 14. studenoga 2012. godine, kada je izravno sa službenog puta u Katar, s gospodarskom delegacijom, doletio u Zagreb te s aerodroma produžio u Banske dvore podnijeti ostavku. Iz Vlade je otišao zbog prometne nesreće koju je skrivio u Mađarskoj i u kojoj su dvije osobe smrtno stradale. Čačić je na funkciju izabran s teretom nesreće u Mađarskoj i cijelo vrijeme tvrdio je da će podnijeti ostavku ako bude osuđen na zatvorsku kaznu, što se naposljetku i dogodilo. Odluka prizivnog suda u Mađarskoj bila je iznenađenje jer je prvostupanjski sud presudio uvjetnu kaznu na koju se Čačić nije žalio. Zamijenio ga je Ivan Vrdoljak na mjestu ministra gospodarstva koji je pokrenuo kritizirani projekt istraživanja nafte i plina u Jadranu, za koji mnogi smatraju da bi mogao uništiti turizam. Prva potpredsjednica Vlade postala je Vesna Pusić.

Za Veljka Ostojića, ministra turizma, koji je bio primoran podnijeti ostavku 9. ožujka 2013. godine, još su uvijek vrijedili, kako je rekao tada premijer Milanović, 'visoki etički standardi'. Ostojić je napustio Vladu jer je bio upoznat s detaljima kupoprodaje zemljišta u Balama čija je vrijednost višestruko porasla nakon urbanizacije te je njegova šogorica, navodno u njegovoj nazočnosti, zemljište platila 'na ruke' više nego što je prijavljeno Poreznoj upravi, oštetivši tako državni proračun. Na njegovo mjesto je došao Darko Lorencin pod čijim je vodstvom HTZ za novi slogan izabrao 'Hrvatska puna života', koji je ismijan na društvenim mrežama. Pojavile su se i sumnje da se radi o plagijatu.

Neven Mimica, potpredsjednik Vlade za unutarnje, vanjske i europske poslove, 1. srpnja 2013. nakon ulaska Hrvatske u Europsku uniju otišao je u Bruxelles u Europsku komisiju na položaj europskog povjerenika za politiku zaštite potrošača. Nakon europskih izbora Mimica je ostao povjerenik i u novoj garnituri Komisije kao povjerenik za međunarodnu suradnju i razvoj. Nitko novi u Vladi nije preuzeo njegovu funkciju.

Slavko Linić, ministar financija, otišao je iz Vlade, točnije, smijenjen je 6. svibnja 2014. godine nakon mjeseci netrpeljivosti i sukoba koji su kulminirali aferom Spačva. Iz Vlade su prethodno dugo stizale informacije da premijer uopće ne priča sa svojim ministrom financija. Konkretan razlog bila je činjenica da je Linić osobno potpisao odluku kojom Ministarstvo financija kupuje zemljište od Spačve kraj Vinkovaca za 33,4 milijuna kuna, što je više od 90 eura po četvornom metru, iako je Porezna procijenila da ne vrijedi više od 6 milijuna kuna ili 100 kuna po četvornom metru. Taj je posao dogovoren u sklopu predstečajne nagodbe da bi se Spačva riješila poreznog duga od 27,8 milijuna kuna. Liniću nije bila sumnjiva vrijednost zemljišta, ali bivšoj šefici Porezne Uprave Nadi Čavlović Smiljanec, jest. Linić je tvrdio da je u Spačvi sačuvao 600 radnih mjesta, a kritiziranim predstečajnim nagodbama više od 20 tisuća. Milanović je tvrdio da Linić snosi političku odgovornost. Ubrzo je uslijedio protunapad u kojem je na uživo prenošenoj konferenciji za medije optužio premijera i njegova brata za kriminal. Zamijenio ga je Boris Lalovac.

Nakon Linića, Milanović je ubrzo, već 11. lipnja iste godine, smijenio još dvojicu članova Vlade, ministra zdravlja Rajka Ostojića i ministra znanosti, obrazovanja i sporta Željka Jovanovića. Milanović je odluku obrazložio preopterećenošću dosadašnjih ministara tim poslom. To su dva teška resora, rekao je Milanović, dodavši da je pred novim ministrima 'ozbiljan posao'. Milanović je naglasio da nema nikakvih konkretnih zamjerki na posao koji su obavljali ministri Ostojić i Jovanović, ali da su oni 'iscrpljeni i trebaju se odmoriti'. U javnosti se spekuliralo da je Milanović smijenio Rajka Ostojića jer mu je predstavljao opasnu konkurenciju u stranci te ga je želio marginalizirati, a Jovanovića jer je njegov osebujni stil počeo nanositi više štete nego koristi. Ostojića je zamijenio Siniša Varga koji od imenovanja samo niže afere i za kojega ne vrijede visoki moralni standardi, iako je 'stalni gost' pred Povjerenstvom za sprječavanje sukoba interesa, a na Jovanovićevo mjesto zasjeo je nestranački Vedran Mornar koji je donekle opustio napete odnose vlade s Katoličkom crkvom zbog niza projekata koji su se protivili njihovu svjetonazoru.

Najnoviji je slučaj ministrice kulture Andree Zlatar Violić kojoj je ponovno, pred izbore, podignuta već zaboravljena letvica s najvišim moralnim standardima. Ministrica kulture je smijenjena jer je državni proračun tretirala kao bankomat. Podsjetimo, nalaz državne revizije  utvrdio je da je ministrica Andrea Zlatar Violić uzimala akontaciju za putovanja na koja nije išla, da bi 'posuđeno' kasnije vraćala u ratama u državni proračun.