Trakavica oko brijunskih transkripata nastupila je kad su iz HDZ-a i braniteljskih krugova optužili bivšeg predsjednika Stjepana Mesića kako je on taj koji je dostavio Tuđmanove transkripte Haškom sudu. On je to demantirao kazavši: 'Originalni zvučni zapis Brijunskog sastanka pronašla je u podrumskom Arhivu Protuobavještajna agencija, čiji je ravnatelj bio Tomislav Karamarko, izuzela ga i utvrdila njegovu autentičnost, nakon čega je taj zapis predan Haškom sudu.'

Karamarko je Mesićeve optužbe nazvao nespretnim i zlonamjernim konstrukcijama. 'Nakon prijave odvjetničkog tima generala Gotovine, POA je dobila zadaću i pokušala utvrditi vjerodostojnost dokumenata. To je bio sav naš doticaj s tim dokumentom, i to u travnju 2005. godine. Nakon što je dovršena ekspertiza dokumenti su proslijeđeni DORH-u. POA nikad nije surađivala s Haagom niti je taj dokument, niti bilo koji drugi dokument, proslijedila Haagu', kazao je Karamarko te dodao kako više od ovoga ne može reći jer mora čuvati državnu tajnu.

'Sve što je Haag tražio, išlo je preko vladina Ureda za suradnju s Haškim sudom', kazao je za Novu TV Ivo Farčić, član odvjetničkog tima generala Ante Gotovine. Vlada bi s dokumenata skinula oznaku tajnosti i ponovno preko Ureda dostavljala Haagu. Kada se obrana generala Gotovine tri mjeseca mučila da otkrije gdje se nalazi original tog dokumenta. Prvo kome su se obratili bio je vladin Ured za suradnju s Haagom.

'Oni su rekli kako ga nisu dostavili u Haag, da su provjerili sve dostavne i otpravne knjige da nikakav takav transkript nisu dostavili i da se transkripti fizički nalaze u Uredu predsjednika', rekao je Farčić. Obrana Gotovine posumnjala je u autentičnost; čak su podnijeli kaznenu prijavu zbog falsificiranja transkripata, no DORH ju je odbacio i nije se dalje istraživalo. A Brijunski transkript, što je vidljivo iz presude generalima, postao je ključni dokaz Tužiteljstva.

Potom se u medijima pojavio i drugi dio Mesićeve 'ispovijesti' oko transkripata. Kada je 2000. došao u Ured predsjednika nije, kaže, preuzeo svu dokumentaciju svog prethodnika te objasnio kako su se brijunski transkripti nalazili na tri mjesta, u uredu Vesne Škare-Ožbolt, u pismohrani i u arhivu. Tada je, kazao je Mesić, formirano Povjerenstvo na čelu s Ivanom Jarnjakom, tadašnjim predstojnikom Ureda za nacionalnu sigurnost. 'Jedan dio tih transkripata preuzeo je Vladimir Šeks, a drugi Miroslav Tuđman, a treći dio na čudan je način nestao', naglasio je Mesić. Ono što je ostalo jest samo par kurtoaznih razgovora o susretima kojima su prisustvovali Jarnjak i Ivić Pašalić.

Mesića su demantirali i Jarnjak, i Šeks i Tuđman.

Jarnjak je doduše potvrdio kako je tada osnovana komisija koja je dokumente popisala i selekcionirala kako bi napravili primopredaju. 'Nakon tri dana smo rekli to pripada HDZ-u, to pripada osobno pokojnom predsjedniku, a ovo ostaje u Uredu predsjednika', tvrdi Jarnjak.

'Spominje se kao da sam ja u tome selekcionirao ili radio s transkriptima što je čista laž. Može se vidjeti da ja od smrti predsjednika uopće nisam odlazio na Pantovčak, osim kada sam došao preuzeti onaj dio osobnih stvari predsjednika što je zapisnički ustanovljeno', kazao je Miroslav Tuđman.

Vladimir Šeks se oglasio priopćenjem: 'Došao sam zajedno s Ivom Sanaderom, koji je bio član predsjedništva HDZ-a, i preuzeo sam u ime HDZ-a transkripte koji su bili vezani uz djelovanje HDZ-a.'

O svemu što je uzeo, kaže, postoji i zapisnik. Budući da svi sudionici vremena tvrde kako oni nisu slali dokumente u Haag niti ih uzimali mimo zakona, pravu istinu mogla bi pokazati jedino istraga, iako u Haagu od toga više teško da će imati ikakve koristi.