Prema Wikileaksu, pokazalo se da je u svibnju 2009. Šimonović, piše Večernji list, američkom veleposlaniku Jamesu Foleyu kazao, a ovaj pribilježio i bilješku poslao u Washington, da su u nestanak topničkih dnevnika umiješani Gotovina i ljudi bliski njemu. Otprilike u isto vrijeme Jutarnji list je pisao da je Ministarstvo pravosuđa optužilo Gotovinu za skrivanje dnevnika, pozivajući se na navodno tajno izvješće Ministarstva obrane, prema kojemu je jedan dio nestalih topničkih dnevnika otuđio Gotovina, dok je drugi dio spaljen. Mišetić je tada prijetio tužbom Jutarnjem listu tvrdeći da je riječ o izmišljotini, a i Šimonović je tada izjavio da se navodi iz tog lista ne nalaze u izvještaju koji je 29. travnja 2009. poslan Haškom sudu.

Međutim, Brammertz je snažno pritiskao Vladu da pronađe topničke dnevnike, koje Hrvatska nije mogla naći, pa je u očaju uz pomoć Amerikanaca, kojima su se žalili Stier i Šimonović, stvoren plan, piše Večernji list, da se provede oštra i uvjerljiva istraga kojom možda neće biti pronađeni dokumenti, ali će biti otkriveno kada su i kako nestali. Vlada to i čini i time otvara neprijateljski front s Gotovinom, koji odbacuje optužbe, dok se sudeći prema Šimonovićevom priznanju Vlada boji pogledati Gotovini u oči zbog Večernjakovog tumačenja depeše objavljene na WikiLeaksu u kojoj je to ovako formulirano: 'Optužiti Gotovinu i njegov tim u sudnici vrlo je osjetljivo za Hrvatsku…'

Kako je već pisao Večernji list, savjetnik premijerke Jadranke Kosor Davor Stier govorio je američkim diplomatima da je istraga oko dnevnika 'agresivna' i da se istražitelji služe 'neprijateljskim ispitivanjem svjedoka'. Vlada je to činila da bi ostavila otvorenom sumnju kako su te dnevnike uzeli ljudi bliski Gotovini: naime, Vlada je u travnju 2009. Haag obavijestila o iskazu časnika Željka Hučića koji je tvrdio da ga je Gotovina poslao po neke dokumente iz zapovjedništva Zbornog područja Knin.

Gotovinina obrana to je opovrgla i Vladi u lipnju 2009. poslala na uvid zapisnik iz kojeg je vidljivo da je Hučić od generala Mirka Šundova uzeo tek zemljovide. Dalje Večernji list piše da su istražitelji MORH-a navodno prikrivali zapisnik koji su imali u posjedu. Gotovinina obrana pred sudom je tvrdila da su iz MORH-a obmanuli raspravno vijeće i tužiteljstvo te da su znali za zapisnik Hučić-Šundov, ali su Haagu dostavili njegovu nečitljivu kopiju.

Gotovinin odvjetnik Luka Mišetić, do kojega danas nije bilo moguće doći, već je ranije kazao da nikada nisu skrivali nikakvu dokumentaciju. U svojem iskazu kao svjedok na suđenju kolegi odvjetniku Marinu Ivanoviću na Općinskom kaznenom sudu u Zagrebu zbog skrivanja tzv. topničkih dnevnika, Mišetić je rekao kako su svi dokumenti koje je haško tužiteljstvo tražilo i zbog kojih se Ivanović i našao na sudu već predani sudu u Haagu.

Štoviše, Mišetić je tada prepričao i okolnosti pod kojima je podignuta optužnica protiv Ivanovića, ustvrdivši da je tome prethodio njegov sastanak s premijerkom Jadrankom Kosor, na njezinu inicijativu, koja je u vrijeme susreta, početkom listopada 2008, bila potpredsjednica Vlade. Na tom ga je sastanku Kosor obavijestila, tvrdio je Mišetić, da će protiv Ivanovića biti podignuta tužba za skrivanje dokumenata ukoliko on ne dostavi sve dokumente s popisa koji je sastavilo haško tužiteljstvo.

Inače, cijelu priču oko topničkih dnevnika obilježila je sumnja jesu li ti dnevnici ikada postojali ili nisu, čemu su dodatno pridonijele Kosoričine izjave u kojima se njihovo postojanje nijekalo, propitivalo pa se osnivala radna skupina koja će 'prevrnuti svaku kutiju, ormar, tavan, šupu... da ništa ne ostane neotkriveno, netaknuto, neistraženo', i to nakon što je sve već navodno učinjeno. U veljači 2009. Kosor je rezolutno tvrdila da dnevnika nema, za razliku od tadašnjega ministra pravosuđa Ivana Šimonovića, koji je prijetio posljedicama onima koji su otuđili dokumente. Situaciju je dodatno začinio i tadašnji predsjednik Stipe Mesić, koji također danas nije bio dostupan za izjavu, a tada je kazao da topničke dnevnike treba tražiti u arhivu Ministarstva obrane, što se premijerki nije svidjelo.

Početkom prosinca 2009. tražeći topničke dnevnike policija je obavila pretres stanova osam bivših djelatnika HV-a i MORH-a, među kojima su bili umirovljeni general i bivši haški optuženik Rahim Ademi, suradnik generala Ante Gotovine Željko Hučić, bivši savjetnik Stjepana Mesića za vojna pitanja Imra Agotić te bivši šef kabineta generala Petra Stipetića, Miroslav Vidović. Navodno su pronađeni neki povjerljivi vojni dokumenti, a policija je privela zapovjednika topničke skupine u Oluji Antu Karduma te već spomenutog Ivanovića. Mišetić je odmah ustvrdio da se radi o velikoj predstavi, dok je Šimonović tvrdio da radna skupina samo radi svoj posao.

Bilo je to taman uoči ročišta u sporu hrvatske Vlade i haškog tužiteljstva upravo zbog topničkih dnevnika, koji su predstavljali jedan od ključnih uvjeta za ulazak u Europsku uniju. O manipuliranju, ali i depešama, Šimonović je u međuvremenu nakon najnovijih prozivki govorio Večernjem listu ustvrdivši da je dio informacija krivo interpretiran i da se takvim dokumentima lako može manipulirati, ali i da nije trenutak za komentiranje nekih detalja.