Juanjo Mena, ponosan na svoje baskijsko porijeklo, znatno je proširio standardni repertoar orkestra te je zajedno s glazbenicima prionuo velikim vokalno-instrumentalnim partiturama, a kritika je oduševljeno dočekala njegove nastupe. Guardian je njegovo dirigentsko umijeće ocijenio 'veličanstvenim'.

Dirigirao je nizom cijenjenih orkestara kao što su Filharmonija iz Osla, Francuski nacionalni orkestar, Nacionalni orkestar grada Toulousea, Filharmonija Scale, Orkestar Minhenskog radija, Dresdenska filharmonija, Simfonijski orkestar iz Göteborga, Simfonijski orkestar Danskog nacionalnog radija; dirigirao je i svim većim španjolskim orkestrima.