Osnovni ciljevi tog programa su zaštita zdravlja kupača, upravljanje plažama u svrhu očuvanja njihovih prirodnih vrijednosti i održive uporabe, praćenje izgradnje kanalizacijskih sustava te funkcioniranje postojećih, utvrđivanje izvora onečišćenja i njihove sanacije, objavljivanje rezultata kakvoće mora u svrhu turističke promidžbe morskog okoliša te informiranje javnosti.

Prilikom uzorkovanja prate se i meteorološki uvjeti, temperatura i slanost mora te vidljivo onečišćenje

U sezoni 2012. ispitivanje je obavljeno na 912 točaka ispitivanja, 779 plaža, odnosno 8840 uzoraka. Ocjenom izvrsno i dobro ocijenjeno je 98,03 posto uzoraka, zadovoljavajuće 1,21 posto, dok je nezadovoljavajućim proglašeno 0,77 posto uzoraka. Rezultati istraživanja unose se u realnom vremenu u nacionalnu bazu podataka koja je javno dostupna na mrežnoj stranici Ministarstva www.mzoip.hr.

Prema prošlogodišnjem izvješću Europske agencije za zaštitu okoliša, more u Hrvatskoj, uz Cipar i Maltu, najbolje je ocijenjeno u Europi.

Na poboljšanje rezultata kvalitete mora utječe izgradnja sustava za odvodnju i pročišćavanje otpadnih voda, a to je glavna tema projekta Zaštite od onečišćenja voda u priobalnom području.