Naime, ako u četiri godine ponovi kazneno djelo, prijeti joj 11 mjeseci zatvora. Sud je također odlučio da će Caritasu oduzeti 5,7 milijuna kuna koje je protupravno stekao. Brajša je osuđena zbog zloporabe ovlasti u gospodarskom poslovanju i zato što nije vodila poslovne knjige i evidencije. Predviđena kazna za ta djela je od jedne do osam godina zatvora, no 73-godišnja bivša ravnateljica Caritasa dobila je manju kaznu zbog olakotnih okolnosti - jer je majka šestero djece, dosad nije bila kažnjavana, u visokoj je životnoj dobi i lošeg je zdravlja.

Njezin branitelj Silvije Degen najavio je žalbu odmah nakon objavljene presude.

Brajša je, po optužnici, zaposlenicima isplaćivala plaće u gotovini, i to u većem neto iznosu od onog koji je iskazan u obračunu plaća, a onima koji nisu imali zaključen ugovor o radu plaću je isplaćivala bez obračuna poreza i doprinosa. Tako je oštetila državni proračun, Zavod za zapošljavanje te fondove mirovinskoga, invalidskog i zdravstvenog osiguranja.

Predistraga protiv Brajše pokrenuta je početkom srpnja 2005., nakon medijskih napisa o njezinu navodnom nezakonitom stjecanju imovine. Porezna uprava otkrila je nakon toga nepravilnosti u poslovanju Caritasa pa je od policije i poreznika zatražila dodatni nadzor.

Kaptol je u ožujku 2006. objavio da su u Caritasu vizitacijom utvrđeni propusti u financijskome i knjigovodstvenom poslovanju, ali ne i pronevjere. Vizitaciju je osam mjeseci prije, nakon izbijanja afere o zlostavljanju djece u Caritasovu domu u Brezovici, potaknuo zagrebački nadbiskup kardinal Josip Bozanić

U jeku afere vezane uz seksualno zlostavljanje u Caritasovu domu u Brezovici kardinal Bozanić je u kolovozu 2005. Jelenu Brajšu razriješio dužnosti zbog, kako je tada rečeno, zdravstvenih razloga.