'Ja sam politički tuđmanist i sljedbenik političke doktrine i učenja doktora Franje Tuđmana. Istina je da sam se distancirao od nekih pojava u vrijeme dok je Franjo Tuđman bio predsjednik i predsjednik stranke, a to je pitanje kriminala u pretvorbi, razni ortaci i kriminal u bankama', odgovorio je Karamarko dan prije izbornog sabora HDZ-a. Politiku prema BiH tada više nije navodio kao Tuđmanov grijeh, a sada je, eto, i bezrezervno brani.

Potvrda Karamarkovog oportunizma stigla je i ovih dana s komentarom lidera oporbe o strogoj haškoj presudi Hrvatima iz Bosne i Hercegovine, posebno o njezinom dijelu u kojem se opisuje navodni zločinački pothvat hrvatskog vodstva na čelu s Franjom Tuđmanom u susjednoj državi, piše Novi list

'Apsurdno je optuživati i prvog hrvatskog predsjednika Franju Tuđmana, koji se odupro agresiji, te dao potporu BiH, jer da nije bilo takve reakcije, Milošević bi sigurno okupirao cijelu BiH', izjavio je Karamarko tijekom turneje po Hrvatskoj, u sklopu kampanje za drugi krug lokalnih izbora. Danas kod njega, dakle, nema nikakvog otklona u odnosu na Tuđmanovu politiku prema BiH, u prvoj polovini devedesetih godina.
Nekad je Karamarko, međutim, sasvim drukčije procjenjivao ovaj segment Tuđmanove politike. U potpunosti je podržavao stavove Stjepana Mesića, vjerojatno najžešćeg kritičara Tuđmanove bosanskohercegovačke doktrine. U travnju 2002., kad je već zbog neslaganja s Mesićem napustio mjesto šefa Ureda za nacionalnu sigurnost, Karamarko je u intervjuu Slobodnoj Dalmaciji objašnjavao i svoju povezanost s tadašnjim predsjednikom Republike.

'Među nama je dugo postojala dobra komunikacija i zajednička crta još od 1989. godine, kad smo se našli zajedno u HDZ-ovoj baraci. Našli smo se na zajedničkoj liniji i na kritici politike prema Bosni i Hercegovini kao i prema privatizaciji', otkrio je Karamarko da ga je s Mesićem, između ostalog, spojilo i nezadovoljstvo Tuđmanovim angažmanom u BiH.

Još su eksplicitnije Karamarkove izjave zabilježene u knjizi Ivice Đikića 'Domovinski obrat – politička biografija Stipe Mesića', objavljenoj krajem 2004. godine. 'Uvijek sam cijenio Mesićevu hrabrost, a ta je hrabrost pogotovo došla do izražaja kad su krenuli krvavi hrvatsko-bošnjački događaji u Bosni. Nekoliko sam puta bio svjedokom kad je žestoko i vrlo konkretno reagirao na pogrešnu hrvatsku politiku u Bosni. Bio sam u njegovu saborskom uredu kad je telefonski zvao predsjednika Tuđmana i vrlo mu vatreno i žestoko objašnjavao da se rade pogrešne stvari i da s time treba prestati. Nije zazirao od svađe s Tuđmanom na temu Bosne. Predbacuju mu da je dijelom kriv za onakvu politiku u Bosni i apsolutno stoji da smo krivi svi koji smo tada bili u državnim strukturama, jer je svatko mogao napraviti više da se zlo umanji ili spriječi, ali mislim da je on tu bio jako korektan i pokušavao je nešto učiniti', brutalno je Karamarko bio kritičan prema Tuđmanu u razgovoru s autorom Mesićeve biografije. Pritom je i na sebe preuzeo dio odgovornosti.