Komentirajući odnos Hrvatske biskupske konferencije prema papi, Markešić je za N1 rekao da ga nisu ni pozvali da dođe u službeni posjet Hrvatskoj kada su zadnji put bili u Vatikanu.

'To je malo čudno, već sam napisao da je zanimljivo kako su hrvatski biskupi koji su bili u službenom posjetu Svetoj stolici otišli iz Vatikana, a nisu u putili službeni poziv da papa posjeti Hrvatsku. Iako su predstavnici vlasti, premijer i predsjednici, u RH uputili poziv papi Franji da posjeti Hrvatsku...Stječe se dojam da postoji kuršlus između HBK i Svete Stolice, iako nećemo to vidjeti na javno', rekao je napominjući kako za to postoji mnogo razloga: 'prije svega što se naši biskupi osjećaju kao da su glavni gazde u Hrvatskoj, jer imamo 87 posto katolika, da su neprikosnoveni vladari duhovnog i cejelokupnog života, da ih je nemoguće zamijeniti. Vjerojatno se nadaju da papa neće još dugo živjeti i da nisu spremni odreći se nekih privilegija koje postoje ovdje i koje su uspjele posteći kroz Vatikanske ugovore'.

Dodaje da su razlozi i papino inzistiranje na pomaganju migrantima, kao i činjenica da Alojzije Stepinac još nije proglašen svetcem.

Markešić je u razgovoru također rekao da papa neće mijenjati vjerske istine, ali da po pitanju marginalnih skupina, izbjeglica, homoseksualaca, razvedenih, želi shvatiti kontekst toga što im se događalo. Slično je i s pobačajem, iako je on po papi Franji nedopustiv, ali želi razumjeti one koji su se odlučili na to.