Bratušek je diplomirala na Fakultetu za tehnologiju, a magistrirala 2006. na Fakultetu političkih znanosti, s radom o transformaciji protokolarne rezidencije Brdo kod Kranja 'iz proračunskog korisnika u javnu ustanovu'. Sumnje da se radi o plagijatu jer je Bratušek u radu koristila neke javne podatke i materijale, i to u vrijeme kad je radila u ministarstvu financija, u odjelu za proračun, te da nije citirala sve izvore kojima se služila, zadnjih su mjeseci u javnost iznosili mediji, posebno oni bliski oporbi.

Očitovanje fakulteta o tome je li magistarski rad premijerke plagijat ili ne zato je prije dva mjeseca zahtijevala Protukorupcijska komisija. Bratušek je u više navrata, od objave sumnji u medijima, isticala da ima čistu savjest i da nije plagijatorica te da bi odmah dala ostavku ako bi se utvrdilo suprotno.

Fakultet političkih znanosti u Ljubljani u ponedjeljak je objavio da je obustavio postupak koji u slučaju utvrđivanja plagijata vodi do oduzimanja znanstvenog naziva te da nema temelja da se Alenki Bratušek titula magistra oduzme.

Iako je Bratušek u radu iz 2006. napravila neke greške prilikom citiranja izvora, prema današnjim kriterijima ocjene znanstvenih radova kritička analiza njenog magisterija pokazala da je on rezultat njenog rada, a ne plagijat, ocijenila je komisija koju je fakultet formirao kako bi se ispitale sumnje što su se pojavljivale u javnosti.