Vasiljevića je sud u Osijeku osudio jer je kao načelnik Uprave sigurnosti tadašnjeg jugoslavenskog Saveznog sekretarijata za narodnu obranu (SSNO) počinio zločine u vrijeme oružanog sukoba regularnih oružanih snaga Hrvatske vojske i policije s naoružanim paravojnim postrojbama pobunjenih Srba i snagama Jugoslavenske vojske (JNA) na teritoriju Republike Hrvatske.

Sud u Osijeku stavlja mu na teret osnivanje logora za ratne zarobljenike u mjestima na teritoriju Srbije i Hrvatske - Begejci, Stajićevo, Sremska Mitrovica, Niš i Stara Gradiška - te odgovornost za smrt najmanje 19 zatočenika. Hrvatsko državno odvjetništvo ustupilo je u listopadu 2011. godine srbijanskom tužiteljstvu za ratne zločine optužnicu protiv Vasiljevića i potpukovnika Miroslava Živanovića, ali od toga nije bilo ništa.

Vasiljević se smatra arhitektom niza akcija specijalnog rata protiv Hrvatske u režiji KOS-a, među kojima su najpoznatije one pod nazivima Labrador i Opera. Akcije su imale cilj snažnom propagandom uz inscenirane terorističke akcije kompromitirati Hrvatsku i njezino političko vodstvo te tako spriječiti međunarodno priznanje njezine neovisnosti. Primarno se željelo svjetskoj javnosti predstaviti hrvatsku vlast kao profašističku. U tu svrhu podmetnute su i aktivirane eksplozivne naprave u Židovskoj općini u Zagrebu i na židovskom groblju na zagrebačkom Mirogoju.

Također, Vasiljević je bio autor akcije Štit, tijekom koje su tajno snimani razgovori generala Hrvatske vojske Martina Špegelja o dopremi oružja iz Mađarske. Kasnije je i objavio knjigu pod naslovom: 'Štit - akcija vojne sigurnosti - dnevničke bilješke operativca', u kojoj brani ondašnju poziciju JNA. Tvrdio je da je najvažnije odluke vezane za rat donosio ondašnji politički vrh SFRJ. JNA, tvrdi, nije bila vojska nekadašnjeg srbijanskog predsjednika Slobodana Miloševića, niti nekog drugog političkog čelnika. JNA je, kako kaže, bila pod zapovjedništvom Predsjedništva SFRJ dokle god je ono postojalo, bez obzira na to je li ono bilo u punom ili okrnjenom sastavu. Međutim pred Haškim sudom je svjedočio da je Milošević imao autoritet nad Predsjedništvom Jugoslavije koje je kontroliralo JNA.

Notorni general Vasiljević u Hrvatskoj je najpoznatiji po zločinačkom angažmanu tijekom bitke za Vukovar. Tako se Vasiljevića i KOS smatra glavnim organizatorom pokolja na Ovčari i uspostave koncentracijskih logora u svrhu kampanje etničkog čišćenja. Matrica je kasnije preslikana u Bosni i Hercegovini.

Nakon odlaska u mirovinu Vasiljević se u Srbiji našao na meti kolega iz službe.

Umirovljeni general nekadašnje Vojske Jugoslavije Nedeljko Bošković tvrdio je da je kao šef kontraobavještajne službe trgovao oružjem i vojnom opremom s bivšim ministrom policije Bosne i Hercegovine Alijom Delimustafićem. Bošković je optužio Vasiljevića i za nestanak izvjesne sume novca zaplijenjene nakon osvajanja Vukovara. 'Postoje svjedoci, odnosno očevici odnošenja deviza iz zgrade Službe društvenog knjigovodstva i banke u Vukovaru. Ti svjedoci su potvrdili da je general Vasiljević utovario uz pomoć vojne policije u Pinzgauer sumu u visini od oko šest milijuna deviza', kazao je svojedobno Bošković, a opravo on naslijedio je Vasiljevića nakon njegova umirovljenja.

Jugoslav Petrušić, srpski kontraobavještajac i član skupine Pauk, koja je navodno po nalogu francuske tajne službe pripremala atentat na Slobodana Miloševića, iznio je 2010. godine optužbe protiv generala Vasiljevića kao jednog od najodgovornijih za raspad Jugoslavije i umiješanost u brojne ratne zločine tijekom ratova u Hrvatskoj, Bosni i Hercegovini te na Kosovu i Metohiji, među kojima je i zločin u Srebrenici.

Vasiljević je sudjelovao u mnogim sudskim procesima pred Međunarodnim sudom za ratne zločine u Haagu kao svjedok optužbe, a sam nikad nije osumnjičen ni procesuiran, iako su ga mnogi, podjednako optuženi i svjedoci, označili kao odgovornog za mnoge ratne zločine na području bivše Jugoslavije. Također, u optužnici protiv Slobodana Miloševića imenovan je kao sudionik u zločinima počinjenim u Hrvatskoj.

U Haagu je Vasiljević kao svjedok optužbe detaljno objasnio kako su funkcionirali vojni lanci zapovijedanja u JNA i Vojsci Jugoslavije te pokazao jasnu moć koju su Milošević i njegovi suradnici imali nad vojnim snagama za koje je Tužilaštvo tvrdilo da su počinile zločine. Vasiljevićevo svjedočenje potkrijepilo je brojne druge dokaze da su Srpska vojska Krajine (SVK) i Vojska Republike Srpske (VRS) realno bile dio Vojske Jugoslavije.

Svjedočio je o tome da je stvarnu moć u Ministarstvu unutrašnjih poslova imao načelnik Službe državne sigurnosti Srbije Jovica Stanišić, a prema Vasiljevićevim riječima, bio je direktno povezan s Miloševićem. Također je svjedočio da je Stanišić stajao iza većine paravojnih jedinica koje su djelovale u Hrvatskoj, kao i iza snaga teritorijalne obrane. Prema podacima Haškog suda, povukao je izravnu liniju od Miloševića do počinitelja na terenu, a koja je išla preko Stanišića.

General Vasiljević bio je oficir jugoslavenske vojske. Od 1986. do 1988. bio je načelnik Kontraobavještajne službe u okviru Uprave za sigurnost Saveznog sekretarijata narodne obrane (SSNO), od srpnja 1990. do lipnja 1991. zamjenik načelnika Uprave za sigurnost SSNO-a, a 16. lipnja 1991. postavljen je za načelnika te uprave. Dana 8. ožujka 1992. privremeno je umirovljen. Sedam godina kasnije, 7. travnja 1999., za vrijeme NATO-va bombardiranja Jugoslavije postavljen je za zamjenika načelnika Službe sigurnosti Vojske Jugoslavije i na tom položaju ostao je do ožujka 2000. godine. Zatim je obnašao dužnost savjetnika za sigurnost načelnika Generalštaba Vojske Jugoslavije. Ponovo je umirovljen 31. prosinca 2000., a službu je napustio 31. ožujka 2001. godine.