Prema optužnici, Vasiljković je kao zapovjednik Jedinice za posebne namjene u sastavu paravojnih srpskih postrojbi, odnosno zapovjednik Nastavnog centra za obuku pripadnika specijalnih postrojbi Alfa, postupao protivno odredbama Ženevske konvencije. Na teret mu se stavlja da je tijekom lipnja i srpnja 1991. u zatvoru na kninskoj tvrđavi te tijekom veljače 1993. u Bruškoj kod Benkovca mučio, zlostavljao i usmrćivao zarobljene pripadnike hrvatske vojske i policije.

Vasiljković je, prema optužnici, tijekom srpnja 1991. u Glini, u dogovoru sa zapovjednikom tenkovske jedinice JNA, izradio plan napada na tamošnju policijsku postaju te prigradsko naselje Jukinac, sela Gornji i Donji Viduševac, a potom i njihovo zauzimanje. Tijekom napada su oštećeni i uništeni civilni objekti, stanovništvo natjerano na bijeg, opljačkana je imovina, a ubijeni su i ranjeni civili od kojih i jedan strani novinar.

U završnim riječima u četvrtak Vasiljković je odbacio bilo kakvu krivnju za ono što mu se stavlja na teret, posebno da je imao ikakvo zapovjedništvo nad zatvorom u Kninu gdje je, kako je kazao, samo jednom prigodom dao prijedlog da se zatvor izmjesti.

Tužiteljice Županijskog državnog odvjetništva iz Šibenika Živana Beroš Dodig i Sanda Pavlović Lučić ustvrdile su da je  tužiteljstvo dokazalo da je Vasiljković bio zapovjednik Jedinice za posebne namjene u sastavu paravojnih postrojbi SAO Krajine koja je svoje sjedište imala u prostoru tvrđave u Kninu.

Kazale su da su svi svjedoci potvrdili da su bili psihički i fizički zlostavljani, te da su boravili u improviziranom zatvoru u prostoru tzv. barutane na tvrđavi u Kninu. Tamo je bilo mračno i vlažno, zbog kondenzacije bilo je vode na podu, oni su ležali na daskama, a nuždu vršili u samoj prostoriji u kojoj nije bilo WC školjke ili su ih stražari tim povodom pustili vani. Neki svjedoci ustvrdili su da ih je Vasiljković pitao tuče li tko od stražara, te da ih on osobno nije tukao.

Branitelj kapetana Dragana Tomislav Filaković rekao je da kazneni postupak od samog početka, a posebno od potvrđivanja optužnice nije zakonit, te da su iskazi pojedinih svjedoka optužbe vrlo konfuzni i proturječni, a neki su i mijenjali iskaze. 

'Niti jedan od svjedoka u svojim izjavama datim u medijima nisu spominjali kapetana Dragana kao osobu koja bi imala s njima bilo kakve veze, a pogotovo koja bi ih zlostavljala ili čiji podređeni bi ih zlostavljali. Optuženi je bio pripadnik neprijateljske vojske u Domovinskom ratu i to je jedina nesporno utvrđena činjenica u ovom postupku. Samo zbog toga, ne može biti optužen niti zbog toga može odgovarati, jer to nije zločin, to nije niti kazneno djelo', rekao je Filaković.

Odvjetnica Slađana Čanković upozorila je da se prema Vasiljkoviću zbog njegove srpske nacionalnosti postupalo drugačije nego prema Hrvatima koji su ranije okrivljene za ozbiljna kaznena djela, što 'proizlazi iz toga da je on već sada lišen slobode u trajanju skoro 12 godina zbog kaznenih djela za koje nije potvrđena ni osnovana sumnja da ih je počinio'.

'Vasiljković je jedan od najeksponiranijih i tijekom ratnog perioda, jedan od najpoznatijih ljudi srpske nacionalnosti, međutim to nije dovoljno da bi ga se osudilo', poručila je Čanković.

Dragan Vasiljković ima srpsko i australsko državljanstvo, a uhićen je u Perthu u Australiji, gdje je živio pod lažnim imenom i bio trener golfa,  2006. godine. Hrvatskoj je konačno izručen u srpnju 2015. godine i od tada je u istražnom zatvoru u Splitu.

Opovrgavao je da se skrivao po Australiji i tijekom obraćanja sudu izjavio da je ponosan na svoj ratni put i na Kninđe od kojih 'nitko nije optužen za nikakav zločin'. Tvrdio je da je svoje ime i prezime u Australiji promijenio samo zato što ga je bilo teško izgovarati, podsjeća Hina, dodajući da je javnost u sudnici nasmijao izjavom da Hrvati u Australiji uz fotografiju Ante Gotovine drže i njegov portret.

Tijekom dokaznog postupka saslušano je šezdesetak svjedoka, polovica njih iz Srbije i to putem videolinka, a njegov predmet broji nevjerojatnih 40 tisuća stranica.