Ako kojim slučajem niste igrali originalni Prototype, a pitate se kakva je to igra, onda je to najbolje objasniti na sljedeći način. Došli ste doma nakon napornog radnog dana u kojem vam je šef prigovarao zbog kojekakvih sitnica ili ste se možda posvađali s boljom polovicom oko toga tko će izribati WC školjku. Nema problema, samo pokrenite Prototype i nakon sat vremena sveopćeg uništavanja okolnih struktura pomoću vaših metalnih ekstenzija, sve će se činiti nekako ljepše a vi ćete biti smireniji i opušteniji.

Šalu na stranu, originalni Prototype kada se pojavio krajem 2009. godine izazvao je dosta pozornosti i odmah je etiketiran kao izravna konkurencija InFamousu, ali iskreno, igra je imala više dodirnih točaka s Crackdownom nego s gore navedenom PlayStation 3 ekskluzivom. Igrin protagonist Alex Mercer, koji je produkt neuspjelog genetskog eksperimenta, budi se u mrtvačnici kompanije koja se bavi takovim pokusima bez ikakvog sjećanja kako je tu dospio. U međuvremenu saznaje da je upravo on u centru epidemije nekakvog biološkog virusa te odluči stvar preuzeti u svoje ruke.

Prototype 2 se na vremenskoj skali počinje događati nešto kasnije u odnosu na prvi dio. Opet ste u New Yorku koji je ovog puta podijeljen na tri jasno odvojena sektora, i to na crveni, žuti i zeleni. Crveni sektor je taj gdje virus i dalje nesmetano kola i gdje su mutanti uočljivi na svakom uglu. Žuti sektor je svojevrsna karantena za sve one koji su pobjegli iz crvenog sektora, a sumnja se da su zaraženi, dok je zeleni sektor, uvjetno rečeno, 'zdrav'. To je zato što lokalni čuvari reda, koji su stacionirani na svim ključnim točkama zelenog sektora, štite pučanstvo od možebitnog upada virusa na jedan vrlo beskompromisan način. Kao primjer, uzet ćemo situaciju u kojoj se grudica virusa našla na parkiralištu, nakon čega je lokalna policija dala upozorenje okupljenoj masi da ima nekoliko sekundi da se makne prije nego što su otvorili vatru i one malo sporije ili nagluhe, ubili.

U cijeloj toj zbrci oko virusa je novi igrin protagonist imena James Haller, pripadnik elitne vojne postrojbe, koji se zbog biološke katastrofe koja je izbila u New Yorku, vratio s Bliskog Istoka kako bi pronašao ženu i kćer kojima se u cijelom tom kaosu gubi trag negdje u crvenoj zoni. Mercer pronalazi teško ozlijeđenog Hellera te mu spasi život tako da mu ubrizga virus koji mu je baš kao i njemu, omogućio posjedovanje nevjerojatnih moći. Kvaka u cijeloj priči je ta da Heller želi ubiti čovjeka koji je odgovoran za smrt njegove žene i kćerke a ta osoba je sam Mercer. Hellerova tuga se pretvara u nevjerojatan bijes te pomoću svojih moći kreće u osvetničku misiju.

Originalnu igru su mnogi optuživali da je previše kaotična tako da je nastavak dosta usporen kako bi omogućili igračima da pomnije planiraju svoje postupke i taktiku u borbi. Otvoreni svijet je sada još otvoreniji, što bi se fanovima ove franšize trebalo dopasti. Zbog ogromnog igrinog svijeta, Heller posjeduje i sonar pomoću kojeg će vrlo lako moči locirati i ukloniti metu. Igrin gameplay, iako sporiji nego prije ne zaostaje po intenzitetu akcije u odnosu za prethodnikom, dok je borba brza i frenetična s pokojim slo-mo sekvencom samo kako bi igrač uspio doći do malog predaha. Dok je prvi Prototype bio prožet osjećajem frenetičnog stiskanja tipaka, Prototype 2 je više nalik Devil May Cry iskustvu, što je, po nama, pomak nabolje.

Prototype 2 će imati i kompleksniji sustav nadogradnji glavnog lika, što će igraču dati više opcija oko customizacije njegovih nadnaravnih moči. Grafička i zvučna kulisa su također doživjele određena poboljšanja tako da sada sve skupa izgleda i zvuči puno bolje od svog prethodnika. Fizički engine je isto unaprijeđen, tako da će bacanje automobila na ljude sad izgledati mnogo prirodnije i fluidnije.

Igra bi se trebala pojaviti početkom 2012. godine, i to za osobno računalo i konzole.