Haško tužiteljstvo u završnim je riječima u ožujku ove godine zatražilo da se Perišića proglasi krivim i izrekne mu se kazna doživotnoga zatvora. Obrana je tražila oslobađajuću presudu.

Generala Perišića optužnica tereti u 13 točaka za pomaganje i podržavanje zločina nad civilima u BiH i Hrvatskoj, od čega se četiri točke odnose na raketiranje Zagreba višecjevnim raketnim bacačem Orkan 2. i 3. svibnja 1995. u kojem je poginulo najmanje sedam, a ranjeno je najmanje 194 civila, te na propuste u kažnjavanju počinitelja toga napada.

Tužiteljstvo ga tereti da je pomagao i podržavao snage koje su izvršile masakr tisuća muslimanskih muškaraca u Srebrenici u srpnju 1995. te da je pomagao dvogodišnji topnički i snajperski teror stanovnika Sarajeva u kojem su ubijene i ranjene tisuće civila.

Tužitelji su u završnim riječima opisali Perišića kao osobu koja je iz pozadine osigurala logističke i materijalne pretpostavke za etničko čišćenje i zločine koje su provele snage bosanskih i hrvatskih Srba u BiH i Hrvatskoj.

On je bio jedna od najvažnijih osoba u SR Jugoslaviji koje su provodile državnu politiku potpore snagama bosanskih i hrvatskih Srba iako je znao kakve su im namjere prema nesrpskom stanovništvu u BiH i Hrvatskoj, poručili su tužitelji koji su ga opisali kao 'ratnika iz sjene' koji se skrivao iza tvrdnji službenog Beograda da SRJ nije sudjelovala u sukobu.

Na njegovu suđenju kao dokazi su uvedeni zapisnici sa sjednica Vrhovnog savjeta obrane održanih nakon Oluje koji pokazuju da uzrok masovnog odlaska lokalnih Srba nije bio topnički napad hrvatskih snaga na civile, kako je to utvrdilo prvostupanjsko vijeće u presudi Gotovina - Markač, nego odluka lokalnog vodstva u tzv. krajini. Te dokaze od službenog Beograda sada potražuju obrane generala Ante Gotovine i Mladena Markača.

Perišić je u pritvor Haškoga suda dobrovoljno stigao 7. ožujka 2005. godine, a do početka suđenja 2. listopada 2008. godine vrijeme je proveo na privremenoj slobodi.