U svojoj trenerskoj karijeri, Jurčić je vodio brojne klubove, uključujući NK Istru 1961, Slaven Belupo, Lokomotivu, Maribor, Adanaspor, te klubove u Saudijskoj Arabiji i Ujedinjenim Arapskim Emiratima. Posebno se ističe njegov angažman u Dinamu Zagreb, kojeg je trenirao u tri navrata.
Hrvatski trener i brončani reprezentativac iz 1998. godine, Kruno Jurčić, postigao je značajan uspjeh na klupi egipatskog Pyramidsa. Njegova momčad osvojila je prvi trofej u povijesti kluba, svladavši ZED s 1:0 u finalu Kupa Egipta. Pobjednički gol postigao je kongoanski napadač Fiston Mayele u 87. minuti, upravo kada se činilo da će utakmica otići u produžetke.
Al Ahly, najtrofejniji klub u Egiptu, ispao je već u osmini finala, što je otvorilo put Jurčićevoj momčadi do povijesnog trijumfa. Pyramids je tako napokon uspio osvojiti trofej nakon što su prethodno dvaput bili viceprvaci i dvaput gubili u finalu Kupa.