Iako je pruga duga samo 28 kilometara, zbog izuzetno zahtjevnog terena očekivalo se kako će troškovi gradnje prijeći i milijardu eura. Njezini kritičari tvrdili su kako će zbog brojnih vijadukata, tunela, mostova i obilaznica koštati najmanje 1,5 milijardi eura.

Cerar je tvrdio kako pretjeruju i da će se manji troškovi osigurati međunarodnim natječajima i nižim PDV-om na radove. Uz to je planirao u financijsku konstrukciju uz državni novac uključiti strane fondove i međunarodni kapital.

Govorio je kako će Europska investicijska banka (EIB) osigurati gotovo trećinu potrebnih sredstava kroz povoljan kredit na 25 godina, a računao je i na novac iz europskih fondova za koheziju i prometno povezivanje te na doprinose zemalja iz zaleđa koje gravitiraju prema Kopru, kao što su Mađarska, Češka i Slovačka.

U rujnu prošle godine slovenski građani su na referendumu podržali projekt, ali njegove rezultate je u srijedu poništio Vrhovni sud.

Rezultate referenduma osporila je građanska inicijativa na čijem je čelu inženjer Vili Kovačič, a koju podržava Slovenska demokratska stranka (SDS) Janeza Janše.

Kovačič smatra da je izabrana trasa za prugu preko kraškog terena pogrešna i da poskupljuje projekt. Nakon referenduma je tvrdio kako je bilo nepravilnosti u vladinom financiranju kampanje, s čime se složio Vrhovni sud. Naloženo je raspisivanje novog referenduma, što je stopiralo planove za gradnju.

Prošle godine sve tri velike sjevernojadranske luke, Koper, Trst i Rijeka, zabilježile su rekordne promete, s tim da je slovenska uzdanica daleko najjača. U ukupnom prometu kontejnera na sjevernom Jadranu Koper drži 54,6 posto udjela, Trst 32,7 posto, a Rijeka 12,6 posto.