Poplave u poljoprivrednim dijelovima država kao što su Minnesota i Illinois isprale su goleme količine dušičnih umjetnih gnojiva u vode Meksičkog zaljeva. Ove tvari uzrokuju pravu eksploziju rasta algi koje se njima hrane. Alge s vremenom ugibaju i tonu na dno gdje ih bakterije razgrađuju. U tom procesu mikroorganizmi troše kisik iz vode te se pri dnu mora stvaraju hipoksične i anoksične zone, odnosno područja siromašna ili potpuno bez kisika. U ljetnim mjesecima izmjena toplijih površinskih slojeva vode s hladnijim dubokim je značajno oslabljena pa se dubinska područja ne mogu obogaćivati kisikom.

Morske životinje, uključujući školjke i rakove koji su vrlo popularni u Zaljevu, odumiru ili napuštaju osiromašena područja. Da problem bude veći najviše umjetnih gnojiva rijekama stiže upravo u ona područja koja su inače najgušće naseljena ribama. Savezne države uz Meksički zaljev od 2009. do danas od ribarstva su uprihodile oko 629 milijuna dolara, a još uvijek se oporavljaju od teškog udarca koji ima je zadalo izlijevanje nafte 2010. Drugim riječima prijeti im novi udar na posao od kojeg žive.

Ovogodišnja mrtva zona mogla bi se protegnuti na više od 22 tisuće četvornih kilometara. Najveća do sada, zabilježena 2002, imala je površinu od 21.965 četvornih kilometara. Prošlogodišnja, nakon velikih suša, bila je jedna od najmanjih u povijesti.

Jedan od ključnih krivaca za stvaranje mrtvih zona je uzgoj kukuruza koji za razliku od soje treba velike količine umjetnih gnojiva. U.S. Geological Survey procjenjuje da je u svibnju rijekama Mississippi i Atchafalaya u Meksički zaljev otišlo oko 153.000 tona hranjivih tvari što je povećanje za oko 16 posto u odnosu na prosjek u posljednje 34 godine.

Neki stručnjaci smatraju da bi poljoprivrednici trebali praksu gnojenja na jesen zamijeniti gnojenjem na proljeće. Drugi pak vide rješenje u stvaranju genetski modificiranih kukuruza koji bi učinkovitije obrađivali dušik. Primjerice, kanadski su znanstvenici 2009. uspjeli razviti GM rižu koja značajno djelotvornije uzima i metabolizira dušik čime se smanjuje potreba za umjetnim gnojivima i povećava urod. Dušik je najvažniji hranjivi sastojak za biljke i ključni čimbenik koji ograničava produktivnost proizvodnje. Biljke su osobito neefikasne u izvlačenju dušika iz umjetnih gnojiva pa dušik iz njih zagađuje rijeke i mora te potiče stvaranje dušikova oksida koji je staklenički plin. Kako rastu potrebe za hranom, globalna upotreba dušika porasla je sa 3,5 milijuna tona 1960. godine na 87 milijuna tona 2000. Do 2050. mogla bi narasti na čak 249 milijuna tona. Očito je da je u takvim okolnostima važno pronaći nove transgenične biljke koje će ekonomičnije koristiti dušik iz gnojiva. One bi mogle smanjiti ne samo troškove proizvodnje, a time i glad, već i zagađenje okoliša.

Prema brojnim klimatolozima ključni krivac za ekstremne vremenske uvjete pa i poplave je globalno zagrijavanje. Jedan danski klimatski model iz 2009. pokazao je da bi klimatske promjene i bez umjetnih gnojiva do kraja stoljeća mogle desetak puta povećati mrtve zone, koje danas zauzimaju oko dva posto svih voda.  Naime, topla voda može apsorbirati manje količine kisika. U najgorem slučaju mrtve zone bi se mogle proširiti na jednu petinu morskih površina! Druga najveća mrtva zona na svijetu jest upravo Meksički zaljev.